W warunkach Nadleśnictwa Kalisz Pomorski występujące zagrożenia można podzielić na trzy grupy:
• biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne)
• abiotyczne – czynniki środowiska nieożywionego np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury)
• antropogeniczne – wywołane przez człowieka (pożary, zanieczyszczenia powietrza, wód i gleb, zaśmiecanie lasu).

Do głównych czynników mających wpływ na powstawanie zagrożenia dla lasów Nadleśnictwa należą:
- udział drzewostanów na gruntach porolnych
- udział monokultur gatunków iglastych
- warunki meteorologiczne
- stan zwierzyny płowej.

Szkodniki pierwotne:
Spośród szkodników pierwotnych największe zagrożenie dla lasów Nadleśnictwa występuje od brudnicy mniszki,strzygoni choinówki i przędzika przezimka. Występowanie ognisk gradacyjnych dotyczy przede wszystkim południowej i zachodniej części Nadleśnictwa.

W historii nadleśnictwa wielokrotnie występowały gradacje szkodników pierwotnych sosny, co powodowało konieczność chemicznego zwalczania na dużych powierzchniach. W ostatnim dziesięcioleciu w 2004 roku zwalczano chemicznie metodą lotniczą brudnicę mniszkę na powierzchni 6150 ha oraz w 2013 roku barczatka sosnówka na powierzchni 5016 ha.

Ochrona przed szkodnikami pierwotnymi polega na:
1. Rozpoznaniu zagrożenia poprzez dokładne prowadzenie jesiennych poszukiwań szkodników pierwotnych sosny, obserwację ilości samic brudnicy mniszki i barczatki sosnówki siedzących na strzałach drzew oraz rejestrację uszkodzeń
2. Wykonywaniu zabiegów ratowniczych, stosując biologiczne i biotechniczne metody ochrony lasu, rozrzedzające populację szkodników.

Szkodniki wtórne:
Wśród szkodników wtórnych drzewostanów starszych onotowuje się m.in. występowanie przypłaszczka granatka, smolika drągowinowca i cetyńców. W ostatnich latach coraz bardziej zauważalna stała się obecność kornika drukarza oraz kornika ostrozębnego. W celu ograniczenia zagrożenia ze strony szkodników wtórnych stosuje się ogólnie obowiązujące zasady higieny lasu, a szczególnie usuwanie drzew zasiedlonych, pozostałości pozrębowych oraz złomów i wywrotów, co pozwala ograniczać ich liczebność.

Ochrona przed patogenami grzybowymi:
w Nadleśnictwie Kalisz Pomorski nie odnotowuje się istotnych szkód spowodowanych chorobami grzybowymi. Niwielkie uszkodzenia w drzewostanach sosonowych są powodowane przez osutkę igieł sosny, opieńkową zgniliznę korzeni oraz hubę korzeni i hubę sosny. W celu ochrony drzewostanów przed chorobami grzybowymi stosuje się następujące zabiegi profilaktyczne:
- przestrzeganie zasad higieny lasu,
- bieżącą identyfikację zjawisk chorobowych z określeniem ich nasilenia i występowania,
- monitorowanie zjawisk chorobowych rozpoznanych w latach ubiegłych,
- koncentrowanie w okresie zimowym zabiegów pielęgnacyjnych wykonywanych na gruntach porolnych oraz maksymalne ograniczenie w okresie zarodnikowania
grzybów,
- zapobieganie rozprzestrzenianiu się patogenów korzeni poprzez stosowanie preparatów biologicznych,
- staranne i terminowe wykonywanie profilaktycznych zabiegów ochronnych.

Ochrona przed zwierzyną:
Na terenie Nadleśnictwa szkody spowodowane przez zwierzynę płową wyrządzane są przede wszystkim przez jelenie i sarny.  Szkody te polegaja głównie na czemchaniu i spałowaniu oraz zgryznaiu pędów, mają zatem największe znaczenie w uprawach i młodnikach. W drzewostanach młodszych klas wieku, połozonych w poblizu cieków wodnych notowane są również szkody powodowane przez bobry. 

W celu minimalizacji szkód od zwierzyny nadleśnictwo podejmuje następujące działania:
- utrzymuje stan zwierzyny na poziomie niezagrażającym celom hodowli lasu,
- stosuje środki odstraszające,
- egzekwuje prawidłowe zagospodarowanie łowisk (np. koszenie łąk),
- udostępniać żer włóknisty jeleniowatym w okresie niedoborów pokarmowych,
poprzez wykładanie drzew do spałowania,
- wzbogacać naturalną bazę żerową,
- zabezpiecza przed zgryzaniem i spałowaniem najbardziej zagrożone powierzchnie
drzewostanów poprzez grodzenie domieszek liściastych oraz smarowanie drzewek
środkami odstraszającymi (repelentami).

Ochrona przed czynnikami klimatycznymi (abiotycznymi):
Z czynników abiotycznych lasom Nadleśnictwa Kalisz Pomorski najbardziej zagrażają:

- silne wiatry wiejące,
- okiść,
- przymrozki wczesne i późne oraz zmrozowiska,
- okresowe susze
- zaśmiecanie lasu.

Ochrona lasu przed czynnikami abiotycznymi polega na:
- przestrzeganiu kolejności i nawrotów cięć,
- nie naruszaniu naturalnych ścian ochronnych przy wykonywaniu cięć,
- właściwym i terminowym wykonywaniu cięć pielęgnacyjnych,
- wprowadzaniu gatunków silnie krzewiących się na obrzeżach drzewostanów
narażonych na wiatry,
- terminowym odnawianiu i zalesianiu,
- dobór odpornych na przymrozki gatunków drzew przy odnawianiu zrębów i
dolesianiu luk w miejscach, gdzie występują zmrozowiska,
- utrzymywaniu w sprawności sieci rowów i urządzeń melioracyjnych,
- zakładaniu i kształtowaniu stref ekotonowych,
- bieżące usuwanie śmieci oraz akcje propagandowe dotyczące zasad prawidłowego
zachowania się w lesie.